As esponjas podem apresentar reprodução assexuada e sexuada. A reprodução assexuada pode ser por brotamento, fragmentação ou gemulação. No brotamento, uma esponja inicial produz uma projeção no corpo, o broto , que pode se soltar originando um novo indivíduo. Em muitas espécies , os brotos não se separam , originando colônias. As esponjas têm grande poder de regeneração. Pequenos pedaços delas podem regenerar por completo espojas inteiras. Essa capacidade permite que elas apresentam um tipo de reprodução assexuada por fragmentação: pequenos pedaços separados eventualmente do corpo podem formar novas esponjas. A gemulação é mais comum em espécies de água doce, onde as condições ambientais podem se tornar temporariamente adversas, como ocorre quando os rios secam. Ao perceberem mudanças ambientais , as esponjas iniciam a produção de gêmulas , formas de resistência que se originam no meso-hilo. Cada gêmula é constituída por um envoltório rígido que protege células indiferenciadas (arqueocitos) capazes de formar um novo indivíduo. Quando as esponjas morrem , as gêmulas são liberadas , podendo permanecer no meio por longos períodos de tempo , até que as condições ambientais voltem a se tornar adequadas. Nessas condições , os arqueocitos saem por uma abertura presente na gêmula , a micrópila, e reorganizam uma nova esponja. Na reprodução sexuada , os espermatozoides são formados a partir dos coanócitos e saem pelo ósculo carregados pela corrente exalante de água. Eles penetram em outras esponjas com a corrente inalante e são captados pelos coanócitos, que os transferem para os óvulos. Como regra geral, a fecundação é interna. Os óvulos são formados a partir de coanócitos ou de arqueocitos. Do ovo surge uma larva ciliada que abandona o corpo da esponja. Após breve período de vida planctônica, a larva fixa-se a um substrato , sofre metamorfose e dá origem a um novo indivíduo.
