A França também sofreu a intervenção política e religiosa de Filipe II. Esse país , cansado de longas lutas contra Carlos V , era palco de agitações e grandes contrastes sociais. A monarquia , aproveitando-se da crise , queria estabelecer seus privilégios. Nesse clima de aguda tensão, o calvinismo renascia e ganhava força entre os artesãos, entre alguns elementos da pequena burguesia urbana e até das nobres famílias feudais. Porém, entre os camponeses , uma grande massa não aderiu ao calvinismo e continuou fiel ao catolicismo. Iniciou-se, assim, uma série de intermináveis guerras religiosas, que ameaçavam destruir a unidade política da França . Os católicos encontraram no Duque de Guise um capitão hábil e decidido . Os Huguenotes (assim eram chamados os calvinistas franceses) insistiam para que os Bourbons, importante família da França , lutassem a seu lado. Naturalmente Filipe II apoiou os católicos. Os huguenotes foram apoiados pela anglicana Elizabeth, da Inglaterra ; eles faziam arruaças , invadiam igrejas, destruíam imagens e matavam católicos. Por mais de trinta anos (1562-1598) , a França foi teatro de uma violenta guerra civil. O episódio mais trágico foi a Noite de São Bartolomeu (24 de agosto de 1572) , quando milhares de huguenotes foram a Paris , convidados para o casamento do seu comandante, o capitão Henrique de Bourbon , com Margarida de Valois , irmã do rei Carlos IX. Os huguenotes , atraídos ao palácio para a festa , foram massacrados enquanto dormiam. Outros milhares foram assassinados em praça pública , por ordem da rainha mãe, Catarina de Médicis. Ela estava convencida de que só liquidando os huguenotes poderia ser restabelecida a paz no reino. A rainha convenceu seu filho Carlos IX a fechar os olhos diante desse plano de massacre , e Henrique de Guise preparou tudo para realizar o plano. Na manhã de 24 de agosto de 1572, um domingo , a guarda real tomou posição diante do Louvre. Os calvinistas foram para lá saber do que se tratava , e bastou o primeiro tiro para dar início ao tumulto . A ordem do rei e da rainha era de matar só os chefes calvinistas, mas a população, fanática , juntou-se a eles , e a matança foi geral. Só pela manhã foram mortos mais de 2 mil huguenotes. Parece que o rei e a rainha , assustados com tudo aquilo , quiseram conter o massacre , mas a luta continuou até o dia 26 de agosto. Foi o mais vergonhoso massacre religioso da História. Os chefes protestantes que conseguiram salvar-se foram refugiar-se nos subúrbios de Paris. Após o massacre de São Bartolomeu , católicos e huguenotes fizeram acordos de pouca duração. Dois partidos surgiram : a Santa Liga do Duque de Guise e a União Protestante de Henrique de Navarra. Havia entre os nobres franceses , Henrique III (Rei da França na época) e o Conde de Guise , divergências religiosas . O rei Henrique III mandou assassinar o Conde de Guise e , em 1589, foi vítima do punhal de um fanático. Como não deixava herdeiros nem descendentes , foi sucedido por Henrique de Navarra , chefe do partido protestante , que subiu ao trono com o título de Henrique IV. Henrique IV assumiu o trono e tornou-se católico, inaugurando a Dinastia dos Bourbons , que governou a França até 1792. Para pôr fim às lutas religiosas internas, ele concedeu o Edito de Nantes (1598) , um documento que concedeu a liberdade religiosa. Com a paz interna, cresceu o comércio e a indústria na França. O rei ganhou prestígio e o absolutismo consolidou-se. Ele morreu em 1610, assassinado por uma fanático católico.
