Em termos bioquímicos, quanto maior a diferença entre os ácidos nucleicos e as proteínas de duas espécies , maior a distância evolutiva entre elas (quanto maior a distância evolutiva, maior o número de mutações nesse intervalo de tempo) . Assim, as semelhanças nas sequências dos aminoácidos de uma proteína ou no DNA podem indicar o grau de parentesco entre duas espécies . Um exemplo do uso desse método é a comparação entre a hemoglobina humana e a de outros mamíferos . A humana é igual à do chimpanzé ( mesma sequência de aminoácidos) e difere de animais cada vez mais afastados evolutivamente. Isso significa que seres humanos e chimpanzés são mais próximos evolutivamente entre si do que com outros animais . Em outras palavras, chimpanzés e seres humanos compartilham ancestral comum mais recente do que com outros animais . Um modo de medir a diferença genética entre duas espécies é misturar uma cadeia de DNA de uma espécie com uma da outra espécie. Essa técnica é chamada de "Hibridização de DNA", pois forma-se uma molécula de DNA "híbrida". Quanto mais semelhantes as duas cadeias , maior o número de pares complementares de bases e maior atração entre dois filamentos. Por isso, mais energia, na forma de calor, é gasta para separar as duas cadeias . Com base na temperatura de separação, possível reconstruir a sequência evolutiva entre duas ou mais espécies. As técnicas atuais de análise de ácidos nucleicos permitiram sequenciar o genoma de várias espécies, mostrando , por exemplo, que o genoma humano apresenta maior grau de semelhança com genoma com o chimpanzé do que com o de outros animais . A análise do DNA e dos cromossomos 2A e 2B do chimpanzé, por exemplo, mostrou a semelhança de várias das partes desses cromossomos com o cromossomo humano 2 indicando que este pode ter surgido da fusão entre dois cromossomos do ancestral comum de chimpanzés e humanos. Isso explicaria por que os humanos têm um par de cromossomos a menos (23 pares) em relação aos chimpanzés (24 pares). De fato, pôde ser observado que, no meio do cromossomo humano 2, há regiões de DNA que correspondem a partes inativas dos centrômeros e dos telômeros (regiões situadas na ponta dos cromossomos) dos cromossomos 2A e 2B dos chimpanzés . Essas técnicas de análises de sequências de aminoácidos e nucleotídeos permitem construir árvores filogenéticas dos grupos de organismos , que podem ser comparadas com as árvores construídas com dados morfológicos. Permite também descobrir a origem de novas doenças causadas por vírus . O sequenciamento do RNA do vírus da AIDS, por exemplo, ajudou a decifrar sua origem (O HIV-1 veio de um tipo de vírus que infecta chimpanzés e o HIV 2 , de outro tipo de vírus , que vitima os macacos-verdes) e a época aproximada em que o vírus passou de uma espécie para outra. Com novas técnicas para determinar a sequência de bases do DNA, pode-se estudar também a evolução de determinado gene ao longo das espécies, comparando diretamente as mudanças em sua sequência de bases. Como acabamos de ver , a teoria da evolução permite explicar grande número de fenômenos que , aparentemente, não teriam relação entre si: os fósseis, as adaptações , as semelhanças anatômicas, fisiológicas e moleculares entre os seres vivos , os órgãos vestigiais , entre muitos outros. Fica claro, portanto, o título de um famoso artigo do também famoso geneticista Theodosius Dobzhansky, um dos pais da teoria sintética da evolução: "Nada em biologia faz sentido a não ser à luz da evolução".
